Direktorat Pendidikan berfungsi untuk mengoordinasikan semua sekolah di lingkungan PPPK Petra, terutama yang berkaitan dengan kegiatan operasional rutin pendidikan dan pengajaran di sekolah, anggaran sekolah, program rutin sekolah, pengawasan pelaksanaan kegiatan proses pendidikan di sekolah, sampai pada evaluasi pendidikan.

Dalam menjalankan tugas sehari-hari, Direktorat Pendidikan PPPK Petra didukung oleh Direktorat Penunjang Pendidikan PPPK Petra dan Puslitbangdik PPPK Petra. Direktorat Penunjang Pendidikan mendukung Direktorat Pendidikan dalam hal anggaran, sarana dan prasarana, serta proses SDM. Sedangkan Puslitbangdik mendukung kegiatan pelaksanaan Direktorat Pendidikan dalam hal pengembangan profesi guru, seleksi SDM, program kerja sama dengan pihak luar, serta penelitian dan pengembangan pembelajaran.

Kegiatan pendidikan dan pengajaran di sekolah, tidak terlepas dari kebutuhan anggaran. Demikian pula kebutuhan tenaga SDM yang ada di sekolah. Seluruh kebutuhan sekolah dari anggaran sampai dengan tenaga SDM, diusulkan oleh sekolah kepada Direktorat Pendidikan.

Seiring dengan dinamika pendidikan yang terus berkembang, hal ini tidak terlepas dari keputusan strategis di bidang pendidikan dan pengajaran. Untuk menjamin kelangsungan proses pendidikan dan pengajaran yang bermutu, Direktorat Pendidikan berupaya membuat regulasi secara berkesinambungan, sesuai dengan perkembangan pendidikan di sekolah.