Sesuai dengan AD dan PRT PPPK Petra, pengurus dipilih dalam Rapat Umum Anggota Tahunan. Jumlah anggota pengurus yang dipilih, sedikitnya lima orang dan sebanyak-banyaknya setengah dari jumlah anggota perhimpunan. Pada AD dan PRT PPPK Petra yang baru, yang diberlakukan sejak tahun 1987, masa jabatan kepengurusan yang semula dua tahun menjadi tiga tahun. Khusus untuk pengurus harian, dapat dipilih kembali untuk satu kali masa jabatan atau tiga tahun lagi. Selama kurun waktu 1985—1996, susunan kepengurusan umumnya terdiri atas tiga orang unsur ketua, tiga orang unsur sekretaris dan dua orang unsur bendahara. Kedelapan anggota pengurus tersebut di atas berfungsi sebagai pengurus harian.

Dalam rangka mengemban tugas pekerjaannya, Dewan Pengurus PPPK Petra terdiri atas pengurus harian, komisi sekolah, komisi kerohanian dan kesejahteraan murid, komisi pengadaan dan pemeliharaan milik, dan komisi keuangan. Komisi sekolah sendiri dibagi menjadi:

1. Komisi TK dan SD.
2. Komisi SMP.
3. Komisi SMU.
4. Komisi SMK.

Secara hierarki, Rapat Umum Anggota merupakan instansi tertinggi dan sekaligus yang paling berwenang untuk memutuskan hal-hal yang penting dan mendasar. Sedangkan secara operasional, komisi-komisi merupakan ujung tombak dari peran dan fungsi kelembagaan pendidikan di lapangan.

Untuk memantau dan mengendalikan roda kehidupan perhimpunan, rapat-rapat merupakan sarana yang strategis. Dalam hal ini, terasa sekali arti dan porsi berbagai rapat, yaitu:
1. Rapat Komisi-Komisi; diadakan sewaktu-waktu.
2. Rapat Pengurus Harian; umumnya dua kali dalam sebulan.
3. Rapat Pengurus Pleno; umumnya sekali dalam sebulan.
4. Rapat Umum Anggota.