Beberapa tahun terakhir ini, PPPK Petra melalui Pusat Penelitian dan Pengembangan Pendidikan (Puslitbangdik) memberikan pembinaan secara intens kepada para siswa-siswi PPPK Petra yang memiliki bakat khusus di bidang keilmuan. Tujuannya adalah untuk memberikan layanan khusus kepada para siswa berbakat di bidang olimpiade sains. Program ini dilaksanakan untuk semua sekolah PPPK Petra jenjang SMP dan SMA.

Proses seleksi tahap awal, setiap sekolah mengirimkan beberapa siswa berbakat untuk diberikan pembinaan pada setiap hari Sabtu di Puslitbangdik PPPK Petra.

Siswa berbakat yang berprestasi akan mendapatkan penghargaan dari PPPK Petra, atas usaha dan jerih payah mereka mencapai prestasi.