Gedung Sekolah

1. Tempat pemeriksaan kesehatan siswa, termasuk kesehatan gigi.
2. Tempat imunisasi untuk seluruh siswa.
3. Untuk pengobatan pertama bagi siswa yang terluka pada saat kegiatan KBM (Kegiatan Belajar Mengajar).
4. Tempat istirahat sementara bagi siswa yang merasa kurang sehat (pusing, mual, dan lain-lain). 

Laboratorium Sains

1. Tempat melakukan berbagai uji coba/praktik IPA.
2. Ujian praktik siswa kelas VI.

Ruang Komputer

1. Sarana KBM untuk pelajaran komputer.
2. Tempat pelatihan siswa yang mengikuti lomba komputer.
3. Pengisian data nilai siswa.
4. Tempat pembuatan desain animasi.

Ruang Media

1. Sarana KBM dengan fasilitas AC, komputer + LCD projector, OHP, TV 29", DVD Player, 2 sound system + woofer, dan 2 lemari yang berisi alat peraga matematika, bahasa, PKN.
2. Tempat ekstrakulikuler Tiwisada (Bakti Wiyata Husada).
3. Tempat latihan senam aerobik siswa.
4. Presentasi hasil studi banding/kunjungan ke luar sekolah.

Ruang PKG

1. Tempat pertemuan guru–guru Kecamatan Waru Gugus VI.
2. Sarana penunjang KBM dengan fasilitas AC, komputer + LCD projector, OHP, dan beberapa alat peraga sains.
3. Presentasi hasil penelitian siswa.

Ruang Paduan Suara dan Kesenian

1. Tempat latihan paduan suara.
2. Tempat latihan gamelan.
3. Tempat latihan seni tari.

Ruang Pamer

1. Menjelaskan tentang sejarah singkat berdirinya PPPK Petra dan SD Kristen Petra 13.
2. Memajang hasil karya siswa dari kelas I—VI.
3. Memajang foto–foto kegiatan dan acara yang ada di SD Kristen Petra 13.
4. Mengadakan pameran hasil karya siswa (origami, puisi, hiasan dinding, dan lain-lain).

Ruang Angklung dan Kolintang

Tempat ekstrakurikuler seni angklung dan kolintang.

Aula

1. Tempat KBM seni tari.
2. Tempat ekstrakurikuler pramuka siswa kelas III—VI.
3. Tempat ceramah napza dan seks untuk siswa kelas VI.
4. Tempat pertemuan dengan orang tua siswa kelas I dan VI.
5. PD siswa setiap hari Sabtu.
6. Tempat untuk merayakan Hari Paskah dan Natal.

Perpustakaan

1. Tempat peminjaman buku bagi seluruh siswa.
2. Penelusuran informasi.
3. Jam pelajaran perpustakaan.
4. Peminjaman peraga IPS, IPA, matematika.

Ruang BK

1. Tempat untuk berkonsultasi dalam memecahkan suatu masalah, antara guru dengan siswa, dan guru dengan orang tua siswa.
2. Tempat memberikan bimbingan pribadi pada siswa yang bermasalah.

Lapangan Olahraga

1. Sarana olahraga yang luas dan lapang.
2. Tempat bermain yang luas dan menyenangkan.
3. Lapangan upacara.
4. Untuk mengadakan event pertandingan olahraga antarsekolah.
5. Tempat menyelenggarakan pentas seni dan lomba pada hari-hari besar.
6. Tempat pelatihan/persiapan lomba-lomba.

Laboratorium Alam

1. Sarana belajar di luar kelas yang menyenangkan.
2. Untuk mengamati tumbuh–tumbuhan pada saat pelajaran IPA.
3. Tempat praktik IPA (mencangkok, setek, dan lain-lain).

Kebun Sekolah

1. Tempat penyaringan air dan tandon air bersih sekolah.
2. Sebagai contoh salah satu bentuk lingkungan buatan.
3. Salah satu contoh bentuk penghijauan di sekolah.

Kolam Ikan

1. Pelajaran IPA (memberi contoh salah satu ikan).
2. Pelajaran IPA (cara menjaga kelangsungan hidup makhluk hidup pada ekosistem buatan).
3. Ikan di kolam dapat digunakan untuk praktik.