Tahun 1970, PPPK Petra mengembangkan sayap lagi dengan menambah sekolah baru untuk menjangkau peserta didik di daerah Surabaya Timur dan sekitarnya. Untuk itu, dibangunlah sebuah sekolah di atas tanah seluas 2.000 m², yang terletak Jalan Pucang Anom Timur 5, Surabaya.

Awal tahun 1972, tepatnya pada bulan Januari, mulai dibuka kelas untuk jenjang SD dengan jumlah awal 4 ruang, dan jumlah murid 60 anak. Untuk sementara waktu, yang menjabat sebagai kepala sekolah sementara adalah Ny. E.P. Siahaya, dari Kepala Sekolah SD Kristen Petra Jalan Kapasan 131. Dan sejak bulan Juni 1972, yang menjabat sebagai kepala sekolah pertama kali adalah Dra. Tjoa Hoa Nio. Beliau menjabat sebagai Kepala Sekolah SD Kristen Petra 5 sampai tahun 1987. Kemudian, kepemimpinan kepala sekolah berikutnya adalah Ibu Mary Susintawati, BA., beliau menjabat sebagai Kepala Sekolah SD Kristen Petra 5 mulai tahun ajaran 1987/1988—1999/2000.

Seiring dengan pertumbuhan dan perkembangan kota, serta minat peserta didik yang semakin meningkat, membuat SD Kristen Petra 5 yang terletak di Jalan Pucang Anom Timur No. 5, terkesan padat pada jam-jam siswa datang dan pulang. PPPK Petra berupaya untuk mencari tempat baru, dengan harapan kegiatan belajar mengajar akan menjadi lebih nyaman dan menyenangkan. Lalu dibangunlah gedung baru di daerah Galaxi Klampis Utara (Perumahan Araya), di atas tanah seluas 6.000 m², dengan luas bangunan 1.362 m². Tepat pada bulan Juli tahun 2000, SD Kristen Petra 5 bersama-sama dengan TK Kristen Petra 5 yang awalnya berada di Jalan Pucang Anom Timur No. 5, Kecamatan Gubeng, resmi pindah ke Jalan Galaxi Klampis Utara 1—3, Kecamatan Sukolilo. Dan yang menjabat sebagai kepala sekolah saat itu adalah Ibu Lusiana Budihardja, S.Psi., yang sebelumnya menjabat Kepala Sekolah SD Kristen Petra 13, Pondok Tjandra Indah, Waru, Sidoarjo. Beliau menjabat sebagai kepala sekolah hingga tahun ajaran 2005/2006. Pada tahun ajaran 2006/2007, jabatan kepala sekolah diganti oleh Ibu Silvianawati, S.Psi., yang sebelumnya menjabat sebagai Kepala Sekolah SD Kristen Petra 12, Sidoarjo.

Jika dihitung dari berdirinya tahun 1972 hingga saat ini, tahun 2009, umur SD Kristen Petra 5 sudah 37 tahun.

Periode Kepala Sekolah

1. Thoa Hoa Nio (1972—1987).
2. Mary Susintawati, BA. (1987—2000).
3. Lusiana Budihardja, S.Psi. (2000—2006).
4. Silvianawati, S.Psi. (2006—sekarang).