Salah satu fasilitas yang dimiliki oleh SMA Kristen Petra 2 adalah perpustakaan. Perpustakaan ini memiliki koleksi buku yang cukup, agar siswa dapat memanfaatkan fasilitas ini sebagai sumber belajar yang nyaman bagi mereka. Mereka dapat mencari koleksi yang diinginkan secara online di ruang tersebut. Dari hasil pencarian tersebut, mereka dengan mudah menemukan buku bacaan yang mereka cari. Saat ini, perpustakaan SMA Kristen Petra 2 memiliki koleksi dengan rincian sebagai berikut: Pegangan guru: 406 judul dengan jumlah buku sebanyak 928 eksemplar. Referensi: 608 judul dengan jumlah buku sebanyak 1.202 eksemplar. Fiksi: 1.545 judul dengan jumlah buku sebanyak 2.762 eksemplar. Nonfiksi: 6.071 judul dengan jumlah buku sebanyak 12.584 eksemplar. Untuk layanan yang cepat, perpustakaan ini dikelola oleh tenaga-tenaga profesional di bidangnya. Satu orang pustakawati dan satu orang tenaga administrasi di tempatkan di ruang ini, guna melayani setiap pengunjung yang datang ke ruang ini dengan baik.

Ruang IT

Salah satu fasilitas yang dimiliki dan menjadi tempat favorit bagi siswa dalam mencari tugas yang diberikan oleh para guru. Ruang ini dibuat senyaman mungkin dengan tujuan, agar saat mencari tugas di internet, mereka dapat dengan cepat mendapatkan informasi tersebut. Ruang ini dilengkapi dengan dua puluh set komputer yang memiliki akses internet yang maksimal.

Laboratorium Multimedia

Ruang yang dilengkapi dengan enam belas set komputer, lengkap dengan web camera, serta satu set komputer kontrol yang digunakan para guru untuk memvisualisasikan materi pembelajaran. Program E-learning Class V.6 membantu para guru dalam mempermudah penyampaian materi pembelajaran kepada para siswa. Dan di ruang ini pula, para guru dapat memberikan ulangan secara online. Dan hasil ulangan tersebut dapat secara cepat dianalisis, sehingga setiap soal yang kurang tepat dapat segera diperbaiki oleh para guru.

Ruang Media

Berbagai aktivitas siswa dapat dilakukan di tempat ini. Mulai membuat film, supaya bisa mengasah keterampilan para siswa dalam mengemas materi pembelajaran. Ruang yang didesain khusus ini, dilengkapi dengan berbagai macam alat penunjang, seperti: televisi, tape recorder, VCD/DVD player, sound system, dan komputer, sebagai alat bantu proses pembelajaran.

Laboratorium Kimia

Laboratorium Fisika

Laboratorium Biologi

Laboratorium ini dipersiapkan untuk mempraktikkan pelajaran biologi yang diperoleh secara teoritis di kelas. Laboratorium yang dilengkapi dengan fasilitas yang memadai, mulai dari mikroskop terbaru yang dapat mentransfer data pengamatan ke komputer multimedia, sehingga (secara visual) dapat membantu pemahaman siswa tentang materi yang didapat di laboratorium ini.

Laboratorium Bahasa

Untuk menambah kemampuan dan keterampilan siswa dalam berkomunikasi dengan menggunakan bahasa Inggris, SMA Kristen Petra 2 melengkapinya dengan laboratorium yang di desain khusus. Di laboratorium ini, para siswa dapat berlatih mendengarkan percakapan menggunakan bahasa Inggris, maupun berlatih berdebat antarkelompok yang dibentuk oleh guru. Fasilitas yang lengkap akan mampu mewujudkan harapan tersebut.

UKS/ UKGS

Untuk menunjang kesehatan para siswa dan guru, SMA Kristen Petra 2 juga menyediakan fasilitas kesehatan seperti UKS/UKGS, yang bertujuan menjaga kesehatan gigi para siswa. Pemeriksaan kesehatan dilakukan oleh tenaga dokter yang profesional, dan pemeriksaan kesehatan juga dilakukan secara umum oleh dokter-dokter yang berpengalaman. Pemeriksaan secara menyeluruh, dilakukan secara rutin oleh tenaga profesional yang dibantu oleh perawat-perawat yang andal.

ATM (Automatic Teller Machine)

Kantin

Kantin merupakan fasilitas yang selalu ramai dikunjungi oleh siswa saat jam istirahat. Beberapa stan kantin tersedia di sekolah ini, dan dikelola secara profesional dengan berbagai macam variasi masakan dengan harga yang terjangkau. Makanan dan minuman yang sehat selalu tersedia di tempat ini, dan terjamin kebersihan serta kesehatannya.

Ruang Galeri

Ruang galeri merupakan tempat pameran karya kreativitas siswa di bidang iptek dan seni, yang telah berhasil memenangkan lomba di tingkat nasional maupun internasional. Ruang galeri juga merupakan tempat para siswa belajar bersama guru untuk membahas masalah iptek, seni, dan lain-lain.

Ruang Karawitan

Di ruang ini, dapat ditemukan alat-alat musik tradisional yang mempresentasikan kebudayaan nasional yang tetap diminati oleh para siswa, yang ingin belajar lebih jauh tentang musik tradisional.

Ruang Musik

Ruang kedap suara ini diperuntukkan bagi para siswa yang menekuni bidang musik modern. Dari ruang ini, telah banyak dihasilkan pemusik-pemusik andal tingkat SMA di Kota Surabaya.

Ruang Radio Sekolah

Ruang ini begitu ramai ketika istirahat tiba, karena para petugas profesional yang ditangani oleh para siswa, memenuhi permintaan lagu para penggemar radio sekolah. Ruang ini juga dipergunakan untuk belajar broadcasting bagi para siswa yang ingin menekuni bidang komunikasi di kelak kemudian hari.