Pada awalnya, SMP Kristen Petra ada di dua lokasi, yaitu:

1. Jalan Kalianyar Wetan No. 43, Surabaya.
   SMP Kristen Petra Pagi
     Kepala sekolah:
     1. Bapak Enang Hadi Widjaja (1955—1960).
     2. Bapak Suprapto (1960—1966).
   SMP Kristen Petra Siang
     Kepala sekolah:
     1. Bapak Patty (1955—1957).
     2. Bapak H.J. Songan (1957—1966).
   
   
2. Jalan Embong Wungu No. 2, Surabaya.
   SMP Kristen Petra Pagi
     Kepala sekolah:
     1. Ibu Tjia (1955—1960).
     2. Ibu Be (1960—1966).
   SMP Kristen Petra Siang
     Kepala sekolah:
     1. Bapak I Gusti Njoman Djoena (1955—1966).

Pada tahun 1966, SMP Kristen Petra Pagi dan SMP Kristen Petra Siang yang berlokasi di Jalan Kalianyar Wetan dan di Jalan Embong Wungu, digabung menjadi satu sekolah, yaitu SMP Kristen Petra 1 Siang (masuk sekolah siang hari) dan SMP Kristen Petra 2 Pagi (masuk sekolah pagi hari) yang berkedudukan di Jalan Embong Wungu No. 2, Surabaya.

Bulan Juli 1988, SMP Kristen Petra 1 Siang pindah dari Jalan Embong Wungu No. 2, Surabaya, ke Jalan H.R. Muhammad Kav. 808, Surabaya, (menempati gedung baru) dan masuk sekolah pagi hari.

Periode Kepala Sekolah

  SMP Kristen Petra I Siang
    Kepala sekolah:
    1. Bapak Herman Laning (1966—1986).
    2. Bapak Oemboe Ndoeka, B.Sc. (1986—1991).

  SMP Kristen Petra 1 Pagi (pindah ke Jalan H.R. Muhammad)
    Kepala sekolah:
    3. Drs. Napo Oranai (1991—1994).
    4. Drs. Yoas Wiluyo Santoso (1994—1996).
    5. Drs. Kasrun (1996—2001).
    6. Drs. Didik Wargianto, M.Pd. (2001—2005).
    7. Dra. Tri Utami Rinto Rukmi (2005—2009).
    8. Dra. Hariati Santoso, M.Pd. (2009—sekarang).

 

Herman Laning (1966—1986)	Oemboe Ndoeka, B.Sc. (1986—1991)	Drs. Napo Oranoi (1991—1994)	Drs. Yoas Wiluyo S. (1994—1996)
Drs. Kasrun (1996—2001)	Drs. Didik Wargiyanto (2001—2005)	Dra. Tri Utami Rinto Rukmi (2005—2009)	Dra. Hariati Santoso, M.Pd. (2009—sekarang)