Kurikulum SMP Kristen Petra 4 adalah Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP) yang proses pembelajarannya berpusat pada siswa, dengan sistem penilaian yang didasarkan pada Kriteria Ketuntasan Minimal.

Kriteria Ketuntasan Minimal (KKM) SMP Kristen Petra 4 dari tahun ke tahun mengalami peningkatan, KKM ini ditetapkan melalui perhitungan yang cermat berdasarkan hasil belajar siswa dalam rapat dewan guru.

Program pelatihan yang terjadwal, diikuti oleh para guru SMP Kristen Petra 4, yang dilaksanakan oleh pemerintah dalam bentuk MGMP.

Kegiatan ini dilaksanakan sebulan sekali. Jadwal pembelajaran telah diatur, sehingga tidak mengganggu proses belajar mengajar.

Selain itu, ada program pelatihan lain yang dilaksanakan oleh sekolah pada saat liburan sekolah, sehingga tidak mengganggu kegiatan belajar mengajar. Sebagai contoh, pada saat liburan kenaikan kelas (Juli 2009), selama enam hari berturut-turut, sekolah mengadakan pelatihan yang bekerja sama dengan DBE (Decentralized Basic Education). DBE sendiri adalah kerja sama lembaga pendididkan dari USA dengan Dinas Pendidikan Kabupaten Sidoarjo.

Dengan kegiatan ini, diharapkan guru-guru di SMP Kristen Petra 4 mampu mendesain model pembelajaran yang menarik dan bermakna, mampu menyusun perangkat pembelajaran yang lebih baik dan sistematis, serta mampu mengevaluasi diri secara terus menerus dalam pengajaran.

Berikut adalah beberapa gambar model pembelajaran yang aktif, inovatif, kreatif, dan menyenangkan yang dilaksanakan di SMP Kristen Petra 4.

Proses belajar mengajar di SMP Kristen Petra 4 berlangsung mulai pukul 06.45—12.45 WIB, kecuali hari Senin, Jumat, dan Sabtu, yang jamnya lebih pendek. Setelah kegiatan PBM untuk kelas VII dan VIII selesai, dilanjutkan dengan kegiatan ekstrakurikuler. Sedangkan kelas IX mengikuti bimbingan belajar.

Kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan di SMP Kristen Petra 4 meliputi kegiatan seni tari, bola voli, KIR Elektro, KIR Biologi, ansamble, bola basket, dan taekwondo. Siswa diberi kebebasan memilih jenis ekstrakurikuler sesuai minatnya. Sedangkan untuk kelas IX, siswa lebih difokuskan untuk mempersiapkan diri menghadapi Ujian Nasional, dengan mengikuti bimbingan belajar yang dimulai setelah jam terakhir. Untuk menguji sampai di mana persiapan siswa dalam menghadapi ujian, sekolah mengadakan try out dengan soal dari PPPK Petra, Diknas Kabupaten Sidoarjo, MKKS, dan guru pembina bimbingan belajar.

Kegiatan pelatihan untuk siswa yang berprestasi juga dilaksanakan di SMP Kristen Petra 4, sebagai persiapan untuk mengikuti olimpiade, baik di tingkat daerah maupun nasional. Pelatihan ini ditekankan pada mata pelajaran Matematika, Fisika dan Biologi.